《剑魂2》的对战模式已经相当成熟，NAMCO随后创造了各类更加自由、更具娱乐性的模式，融入角色扮演甚至即时战略元素，客串角色也越来越有趣。系列不断发展，剧情的谜团随着时间的推移逐渐被揭开，但玩家关注的重心早已从故事本身转为经典角色，最终促成了系列在今天的复刻与重启。
上篇回顾：《金铁交织的旋律：〈刀魂〉与〈剑魂〉的蓝色传奇（上）》
■ 命运轮回死神心如铁石，性似青铜，不知怜悯，无论何人，只要抓住，决不放手，不死神灵，看到了他，也心生恼恨。
——赫西俄德《神谱》
《剑魂3》于2005年发售，此时PS2正在以火箭般的速度冲向1亿装机量大关，让NAMCO放弃了NGC和Xbox版。同为PS2游戏，《剑魂3》的特效相比前作再次提升，彻底榨干了主机性能。本作也是系列最后一次耗巨资打造短篇电影规格的CG片头，厚重的气势堪比史诗大片。
本作的片头充分展现了各类武器的魅力
《剑魂3》的剧情紧接前作，拉斐尔挑战噩梦失败，因为战斗中体内吸入过多邪气，变为类似吸血鬼的夜之一族。但拉斐尔在落败前刺中了邪剑的魔眼，让齐格飞彻底夺回自己的身体，脱下苍骑士的铠甲，灵剑也脱离混沌灵界，重新出现在人间。邪剑的意志趁乱悄悄遁入了铠甲中，被手持镰刀的神秘男子扎萨拉梅尔发现，后者施展秘法，让这股意志在失去人类宿主的情况下，以铠甲为身体重新站了起来，向齐格飞发起反扑。
已经23岁的齐格飞终于战胜了内心的阴暗面，成长为真正的男人，与代表过去的噩梦正面对决。游戏中的齐格飞与噩梦也变为两个彻底独立的角色，后者的招式更加凶狠，展现出非人的一面。
本作首次揭示了邪剑与灵剑诞生的故事。上古时代，一名英雄王凭借强大的意志控制了邪剑，平定乱世，但英雄王的儿子却被邪剑诱惑，成为傀儡，导致英雄王大义灭亲。为了封印这一祸患，英雄王以部分邪剑碎片为素材，将其净化，历经无数次的失败，以自己的生命为代价，终于锻造出灵剑。英雄王的亲信继承了他的遗志，成为守护灵剑一族，在外人中不断寻找灵剑的使用者，号召他们与邪剑一次又一次对抗。
神秘男子扎萨拉梅尔引导噩梦与齐格飞对决，通过秘法释放出邪剑与灵剑碰撞的洪荒之力，其愿望居然是自身的彻底死亡。扎萨拉梅尔原本是守剑一族中文武双全的天才，对族人内部禁止使用灵剑的规定感到不满，夺剑失败的他被敲碎手腕废掉了武功，然而他并没有绝望，通过博览群书学会了转生之术，积累了上千年的知识。
然而“转生”并非“不死”，每一次转生，他都必须承受肉体彻底溃灭的痛苦，以及灵魂堕入地狱的折磨。时间没有尽头，他永远无法安息。随着时间的推移，转生的快乐越来越淡，痛苦却越来越深。他以为邪剑可以解脱自己，便成为了邪剑的傀儡，但在死亡的瞬间，他却再度转生。此后他将目标转向灵剑，然而守剑一族早已消失在历史长河中。他一直等到16世纪，终于获得邪剑与灵剑的情报，希望双剑对决的洪荒之力可以让自己彻底解脱。
《剑魂3》的单人内容之丰富，在格斗游戏中可谓空前绝后，制作组囊括了前几作备受好评的元素，还引入大量全新玩法。“魂之传说”相当于《刀魂》中街机模式与剑匠模式的融合，一边介绍剧情，一边展示分支路线和隐藏关，耐玩度高于一般的街机模式，输入QTE改变结局的设定也继承了《刀魂》的有趣传统。
“魂之斗技场”模式提供各类特殊任务，锻炼玩家的各项能力。“世界大赛”模式献给打电脑狂人，以淘汰赛或循环赛的方式连续夺取12座奖杯，即可获得巨额奖金。练习模式经过大幅强化，除了更详细的教程，还有指令回放功能验证复杂技巧。
角色编辑系统可谓本作最大的创举，固有角色在这一作只能编辑颜色，从头到脚捏一个新人的自由度则颇高，服装和道具组合之多令人眼花缭乱。虽然《剑魂3》没有客串角色，但玩家可以轻松捏出《异度传说》里的KOS-MOS、《铁拳》里的豹王、《源平讨魔传》里的平景清等NAMCO经典角色。其他公司的角色没有预设服装，不过只要花点时间，捏个七分像也不成问题。
为了丰富捏人系统的流派选择，在24名固有角色之外，本作又加入了17名附加角色，总数高达41名。附加角色的实力普遍比固有角色弱，招式也偏少，很多武器相当冷门，不适合正经对战，走的是剑走偏锋的个性路线。一半的附加角色没有出现在正史中，为了交代他们的剧情，本作加入独特的“剑之编年史”模式，融合角色扮演与即时战略元素，讲述一个脱离现实世界、完全架空的王国争霸史。
制作组希望打造一款集大成之作，在有限的开发周期内塞入海量内容，却顾此失彼，造成一系列问题。“剑之编年史”带有损坏存档的Bug，美版可能会损坏《剑魂3》的存档，日版则有可能损坏记忆卡中的所有数据，想要完全避开这个Bug，要么避开这一模式，要么给《剑魂3》单独准备一张记忆卡。NAMCO对此事反应迟缓，官网发布警告的时间太晚，修正后的日版光盘直到2006年1月才出炉，而且只有日版用户经过申请后才能更换光盘，这一系列失败举措严重影响了游戏销量。
抛开“剑之编年史”不谈，《剑魂3》的普通对战也有不少破坏平衡性的Bug，如取消被弹剑的硬直、取消投技动作。日版发售日仅比美版晚一个月，居然对招式进行了调整，足见开发之仓促。即使如此，日版也不算平衡。2006年4月推出的《剑魂3：街机版》修正了Bug，并且对移动速度、招式属性、伤害修正进行大幅调整，终于达到较高的平衡度。
